Ông Phạm Dũng có những vi phạm, khuyết điểm như tham mưu cho Bộ GTVT ban hành Quyết định số 3166 phê duyệt giá trị doanh nghiệp, trong đó xóa khoản nợ phải thu khó đòi số tiền 185 tỷ đồng nhưng không thực hiện xử lý trách nhiệm của tổ chức, cá nhân; chưa thực hiện đối chiếu đầy đủ các khoản nợ...