Mật tông vốn truyền vào Việt Nam từ khá sớm. Theo Thiền uyển tập anh, vào thế kỷ thứ VI, ngài Tỳ Ni Đa Lưu Chi, người Ấn Độ, đã đến Việt Nam và dịch kinh Đại thừa phương quảng tổng trì tại chùa Pháp Vân. Đây là một bộ kinh của Mật giáo, và liên hệ rất nhiều đến Thiền.
Vào thời Đinh và Tiền Lê, Mật tông đã khá thịnh hành tại Việt Nam. Những trụ đá được phát hiện tại Hoa Lư, Ninh Bình - dựng vào năm 973, thời Đinh; có trụ dựng năm 995, thời Lê Đại Hành - đều khắc bản kinh Phật đỉnh Tôn thắng Đà La Ni (Usnisavijaya dharani), một bản kinh rất phổ biến của Mật giáo.
Tại Việt Nam, có nhiều tác giả dịch thuật những bài kinh thuộc tạng kinh mật giáo như Thích Thiền Tâm, Thích Viên Đức, Thiền sư Nhẫn Tế, Kim Cương Thựơng Sư Thích Viên Thành dòng Drukpa - Bhutan viện chủ Chùa Hương v.v.,
Ngoài ra còn có những vị tu theo mật pháp.
Trong đó, Thượng tọa Thích Viên Thành viên tịch năm 2002 được đồn thổi gắn với một truyền thuyết về phá trận trấn yểm sông Tô Lịch.
Ở Hà Nội, ngoài truyền thuyết trấn yểm sông Tô Lịch, còn có truyền thuyết về trấn yểm ở Hồ Tây.
Hồ Tây là nơi trấn yểm hiểm yếu, nơi có trâu vàng bị chôn xuống giữa hồ, có cả huyền tích Vua hóa hổ với Ông sư Khổng Minh Không của phái Mật tông.
Bên phía tây Hồ Tây, có một am nhỏ của phái Mât Tông còn lại, đến tận những năm 1952 mà những nhà sư của phái Mật Tông từ Tây Tạng còn lui đến tu luyện và truyền dạy.
Thôn Vệ Hồ, lãng đãng sương, trên cái mảnh đất nhỏ nhoi vươn ra Hồ Tây có tới 3 ngôi chùa thuộc hàng đệ nhất nước Nam là Ức Niên, Thiên Niên và Vạn Niên .
Am nhỏ phủ rơm của Mật tông Tây Tạng, nơi có sư Khổng Minh Không, chính là Vạn Niên
Tu để sống trăm năm thì ở Ức Niên, nhưng nghìn năm vạn năm lưu sách thì ko đâu ngoài Vạn Niên của Mât Tông.
Chiến tranh và cách mạng phản đế, phản phong đã làm cho Vạn Niên đến tận những năm cuối 199x vẫn chỉ như là 1 cái am nhỏ. Nhưng có 1 sự kiện đã xuất hiện.
Những năm cuối 199x sang đầu những năm 2000-2xxx, Hà Nội mở 1 khu đô thị tây tên Ciputra ven Hồ Tây. (Bắt đầu liên quan đến ông thủ ấn ở Phần I).
Câu chuyện thu hồi đất các xã các thôn dường như êm đẹp cho đến khi thu hồi đất chùa Vạn Niên, cái chùa như cái am nhỏ bé nhỏ nép sát bên Hồ Tây ko bao giờ đc bàn đến chuyện đền bù, cả cái việc mở rộng và nắn thẳng đường Lạc Long Quân mà người Pháp vì tránh Vạn Niên đã làm đường thành nửa vòng cong bao quanh...
Thế rồi vì đất chùa ko có địa bạ, ko sổ sách... cho nên đám hương lý kỳ hào tính thu tất, ăn cả ...dân ko đồng tình.
Lại nói chùa Vạn Niên có Sư Minh, là môn đệ của bậc cao tăng phái Mật Tông mà lên hàm đại đức. Ngày cưỡng chế đám ruông đấy, đám kỳ hào hương mục, quân lính vài trăm người. Người ta thấy ngài ngồi trên chiếu cỏ, người như khối kim cương tỏa sáng, tay bắt ấn, miệng nhẩm thần chú, rồi huyên náo ầm ầm xe xúc đến lao vào chỗ ngài ngồi thì mưa gió nổi lên bất kỳ, xe hỏng. trận mưa dông giữa chiều Hà Nội ngột ngạt đã làm mấy trăm quan quân chay tứ tán, quan tổng trấn khi đó ốm liệt giường cả tuần.
Sự viêc lặp đi lặp lại đến 3 lần.
Sau mấy bận thu đất ko thành, đám kỳ hào, lý dịch đứa ốm, đứa tù, nhân 1 lần điền dã, tôi ghé thăm đại đức hỏi chuyện, "bạch Thày, vụ đấy đến đâu rồi?" ngài uống nước rồi nói "Ông cúng yểm cho chúng nó đứa chết, đứa rũ tù lâu rồi"
Quả đúng là từ đận làm cái Ciputra, cưỡng chế đất chùa Vạn Niên làm đường xá như thế nào chả biết, tự nhiên mấy tay kỳ hào tù tội hết, đơn thư ầm ầm, ghế quan tổng trấn lung lay lắm..... Hỏi thăm ngài về sức khỏe xong, tôi cáo lui, vẫn văng vẳng lời ngài bên tai.
Quả nhiên độ nửa năm sau, lũ quan làm kè hồ, làm đường chỗ chủa Vạn Niên vào tù sạch, kẻ đương chức thì đơn thư nhiều vô kể, sinh mệnh chính trị như ngọn nến trước bão.
Sau có kẻ cận thần tâm phúc cuả quan tổng trấn nói với quan về chùa Vạn Niên và phái Mật Tông Tây Tạng. "Kim Cang Thủ Ấn Quyết và các bảo bối khác mà Vạn Niên đang lưu giữ là chân truyền của phái Mật Tông Tây Tạng, xưa Khổng Minh Không biến Vua hóa hổ cũng là việc nhẹ tựa lông hồng. Luyện được Kim Cang Thủ Ấn Quyết thân thể người đó như khối Kim Cang – không gì phá hoại được , rất phù hợp để ổn định tâm và cũng phù hợp giúp người đó bảo vệ bản thân mình. Về sức khỏe càng về già càng hồng hào như tiên, thọ hơn trăm năm dễ như trở bàn tay, về danh vọng thì vạn niên lưu sử, bắt tướng, giết tướng, đoạt thành..... ko phải là việc khó. Sai khiến đc cả âm binh, oan hồn cũng ko làm gì đc" ....
