Theo Thanh Sử Cảo, Tôn Sĩ Nghị (tự là Trí Trị 智治, hiệu là Bổ Sơn 補山) người Hàng Châu sinh năm Canh Tí (1720), đỗ tiến sĩ năm Tân Tị, Càn Long 26 (1761) khi đó đã ngoài 40. Khi vua Càn Long du Giang Nam lần thứ ba, Tôn Sĩ Nghị dự một kỳ khảo thí đỗ đầu được vua khen triệu vào làm Nội Các Trung Thư, rồi thăng Quân Cơ Chương Kinh, làm việc với Ðại Học Sĩ Phó Hằng (傅恆). Năm Mậu Tí, Càn Long 33 (1768), Tôn Sĩ Nghị theo Phó Hằng chinh thảo MiếnÐiện (1769) lập được nhiều công trạng nên được thăng lên Hộ Bộ Lang Trung, rồi Ðại Lý Tự Thiếu Khanh, tuần phủ Vân Nam.
Năm Canh Tí (1780) Vân Quí tổng đốc Lý Thị Nghiêu bị cách chức, Tôn Sĩ Nghị cũng bị sung vào quân đi đánh Y Lê, nhưng được xá tội và trở về làm biên tu Hàn Lâm Viện. Sau vì điều tra tổng đốc Lưỡng Quảng là Furgun (Phú Lặc Hồn 富勒渾) tham nhũng được triều đình khen ngợi nên Tôn Sĩ Nghị được thăng Tổngđốc Lưỡng Quảng (1786). Thời gian sau đó, ông đối phó nhanh nhẹn đàn áp được những vụ nổi dậy ở Ðài Loan (1786-7) và luôn luôn chuẩn bị sẵn sàng tiếp liệu, quân dụng nên được thăng lên Văn Uyên Các Ðại Học Sĩ, tam đẳng nam tước, lại được ban mũ với lông công hai mắt (song nhãn hoa linh – 雙眼花翎) dành cho các tôn thất cấp bậc thấp hay giới quí tộc Mãn Châu.