Khu vực này đã có người sinh sống từ thời tiền sử, nhờ vị trí nằm ở rìa phía nam của hồ Texcoco — một phần của hệ thống hồ lớn ở Thung lũng Mexico. Trước khi bị người Aztec chiếm đóng, vùng này là lãnh thổ của người Tepanec và Coyoacán đóng vai trò là một trung tâm chính trị – kinh tế quan trọng.
Năm 1428, người Aztec đánh bại đế chế Tepanec. Coyoacán bị sáp nhập vào đế chế Aztec.Dù Tenochtitlan (đảo giữa hồ) là thủ đô, Coyoacán vẫn được giữ lại như một trung tâm quản lý và quân sự ở phía nam, do vị trí thuận lợi và đất đai màu mỡ. Hệ thống chinampas (ruộng nổi) được phát triển mạnh ở đây, cung cấp nông sản cho thủ đô Tenochtitlan. Coyoacán cũng đóng vai trò trạm trung chuyển hàng hóa và điểm xuất phát của các tuyến đường về phía nam (Morelos, Guerrero, Oaxaca).
_DSF5922 by
Hieu Tran, on Flickr
_DSF5923 by
Hieu Tran, on Flickr